Грибковые (дрожжевые) инфекции наиболее часто развиваются в течение первых 3-х месяцев после трансплантации. Кандида белая (Candida albicans), наиболее распространенный грибок, выглядит как белый налет или слой на языке и во рту. Инфекция, вызванная этим грибком, также называется молочницей. Она может вызвать повышение чувствительности или возникновение язв во рту, что доставит трудности при глотании. Если молочницу не лечить, она может поразить пищевод, желудок и кишечник. Грибок может вызвать вагинальную инфекцию (вагинит) у женщин. В этом случае в области влагалища появляется сильный зуд, который часто сопровождается густыми желтыми или белыми выделениями.

Пациенты, прошедшие трансплантацию, с высоким уровнем иммуносупрессии или принимающие высокие дозы преднизолона находятся в зоне повышенного риска развития грибковых инфекций. Большинство грибковых инфекций являются неинвазивными. Это означает, что они не попадают в кровоток. Инфекции, вызванные грибком Кандида (Candida), лечатся с помощью противогрибковых препаратов, которые наносятся непосредственно на кожу (препараты местного применения, такие как нистатин, лотримин или клотримазол). Грибковые инфекции редко попадают в кровь, а в случае попадания лечатся противогрибковыми препаратами внутривенно.